摘要:
目的 将筛选得到的变形链球菌高毒力株特异的DNA片段序列与数据库中已知序列进行对比,发现高毒力株特异的新基因或已知基因的新功能,推测、鉴定基因所编码蛋
白质的功能。方法 对筛选得到的c血清型变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段进行序列测定,利用BLAST 2.2.6程序进行核苷酸和含6相位阅读框架编码的氨基酸的相似性检索。结果 变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段中,2个为重复克隆,片段大小在113~776 bp之间,平均G+C含量为38.59%,与已完成测序的变形链球菌UA159基因编码区的G+C含量相近。发现了5个新的基因片段,其余的片段均与变形链球菌UA159基因组中的基因有高度的同源性。依据推测的功能,高毒力株特异的DNA片段主要与信号转导及转录调节、修复应激损伤、生化代谢、外膜蛋白合成及粘附以及目前功能仍未知或不确定的假想蛋白有关。结论 利用生物信息学相关软件及数据库进行c血清型变形链球菌高毒力株特异DNA片段的基因分析、识别及功能预测,发现了5个新的基因片段以及高毒力株特异的DNA片段的主要功能,为进一步的基因功能研究奠定基础。
郭丽宏;史俊南. 变形链球菌高毒力株特异DNA片段的序列测定及生物信息学分析[J]. 华西口腔医学杂志.
GUO Li-hong1, SHI Jun-nan2. Sequencing and Bioinformatical Analysis of Virulent Strain-specific DNA Fragments from Streptococcus mutans[J]. West China Journal of Stomatology.